中科院生物信息学博士，目前在生物医疗行业。
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1970-01-01 08:00:00
本文是熊言熊语邮件通讯的会员内容，限时同步首发于熊言熊语微信公众号。文章较长，引用较多。
Guardant health Shield 近日官宣获批，从我2021年入行关注至今终于等来了这一天。作为熊言熊语邮件通讯产品系列的早就定下的选题之一，趁热打铁，把零散记录了很久的draft详细整理成文与你分享。
在本次通讯中，你将会：
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你好，我是思考问题的熊，熊言熊语公众号/播客的主理人。一个超过半年没有和你通过邮件通讯相见的拖更作者。诚惶诚恐，不知道你这半年可好。
不只是没有和你交流，2024 年过去半年多时间里自己基本处于断网状态，变成了一个只有线下模式的 NPC。
此刻，当我打开电脑准备写点什么，感觉熟悉又有些陌生。就像准备要和很久没联系的朋友见一面，难免会觉得忐忑。纠结许久，还是只能先说一句：好久不见。
在本期通讯内容中，我将和你分享过去一段时间我的经历感受和反思，也会为你推荐一个我在进行的秘密项目，邀请你参与体验。
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说明：本文写在听闻钉钉收购在线笔记工具wolai，并看到两篇相关评论文章之后。
不在效率工具圈子很久，刚刚刷少数派看到老麦发了一篇「钉钉收购我来 wolai 的背后逻辑」才知道这个软件被钉钉收了，紧接着又看到一篇发表在MacTalk上池老师团队成员写的文章「钉钉居然收购了我来wolai」。
还是忍不住说几句自己的观感：如果你和我一样是个普通用户，还是多研究些问题，少谈些逻辑。
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MSK前瞻性临床队列 MSK-IMPACT和MSK-ACCESS样本量突破10万之后，MSKCC的分子肿瘤中心 (Center for Molecular Oncology, CMO)主任 David Solit 最近在个人社交媒体上晒了这样一个截图，并补充到：
随着数十种tumor-agnostic和肿瘤特异性的基因组生物标记得到FDA批准，肿瘤以及胚系基因组检测应该被考虑用于所有需要系统治疗的癌症患者。
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KRAS和HRAS以及NRAS都属于RAS家族，这些基因一旦发生突变便可以启动或促进肿瘤生长。尽管KRAS是很多肿瘤中常见的突变致癌基因，但是KRAS基因所编码的蛋白像一个表面光滑的圆球，很难找到能可以抓住它的小分子化合物。过去几十年的时间里，一直认为其「不可成药」。
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读文献的乐趣通常在于文献之外。通过文献里的线索和场外信息把看起来无关的内容联系在一起。如果赶巧又解答了头脑里萦绕很久的问题，那便是难得的「Paper Aha Moment」。
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本文为熊言熊语邮件通讯会员计划内容精选。如果你也是一个行业新人，或许会有一点点启发；如果不是，不妨分享给你身边的行业新人～
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经过一段时间（其实是很长时间）的准备和调整，熊言熊语会员通讯下周恢复继续更新啦。以下是最新一期的邮件内容和你分享～
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书接上回，在昨天的文章里，我们从一天连发两篇Nature大子刊是什么体验出发，提到了芝加哥大学的Liam Flinn Spurr 在11月28日，作为第一作者在 Nature Cancer 发文，通过一项临床研究发现高度非整倍体的非小细胞肺癌对放疗联合免疫治疗更敏感。同时在Nature Genetics online 的文章则介绍了在低TMB患者中可以通过肿瘤非整倍体程度预测泛癌的免疫治疗疗效。
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同一天在 Nature Cancer 和 Nature Genetics 发表两篇文章是一种什么体验？今天我们用一天发表两篇文献解读从侧面体会下 😃
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「熊言熊语」这个名字来自于我2020年初开始做的一档音频播客节目。那段时间是我读博即将进入尾声。不难想到「熊言熊语」自然是借了「自言自语」这个词再加上「思考问题的熊」这个ID。
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通过参加自己领域内会议来了解行业动态和现状是非常好的途径。
如果你也在从事肿瘤领域相关的工作和研究，每年召开的 ASCO 和 ESMO 这类世界级大会和国内的 CSCO 自不必多说。
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因为 9 月初写了 行业几家公司 2022 Q2 财报简读，最近又有小伙伴后台留言问 Q3 这几家财报陆续出来之后是不是更新一下近况，我瞅了瞅感觉不大有必要。
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声明：本博客所有文章的专业/行业相关信息全部来源于公开资料，且所有内容和观点仅代表个人。
很多东西，单独看一个点看不出什么，但相似的东西摆在一起还能耐住性子看过去，往往就比较有意思，比如文献，比如财报。
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30 岁，有人开始发现自己不再年轻，有人开始焦虑自己的目标、成功和失败，30 岁在 20 岁看来也许觉得好笑，在 40 岁看来也许又觉得矫情。不管怎么说，我的 30 岁还是来了。
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身处一个团队（部门）中，合作是每一个项目顺利推进开展都必不可少的工作方式。但如何合理展示和评价每一个人的贡献，让每个人都能看到自己的价值，却不是一件容易的事。
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2022 年 6 月 15 日，Nature 在线发表了两篇染色体不稳定性泛癌研究。一篇题为：A pan-cancer compendium of chromosomal instability；另一篇题为：Signatures of copy number alterations in human cancer。
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这个月初，FDA发布了将ctDNA应用于早期实体瘤药物开发的指导意见稿。
对于相关公司而言，意见中的注意事项确实具有「指导」意义。对于相关从业者，等于得到了一份「ctDNA在早期实体瘤临床研究应用方向」的参考答案。
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今天好几个小伙伴反馈Gitee不能再当作图床使用了，问有没有更好的markdown图床替代方案。
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如果你做了一份科研样本的 NGS 检测，绝大多数测序公司都会附上一份标准化的分析报告，当然，这份报告的实际可用性懂得都懂。但如果一位肿瘤患者进行了 NGS 检测，那出具的检测报告就需要慎之又慎，靠谱的公司往往会想尽办法提高报告的准确和严谨，每份报告也都需要进行人工审核和解读。医生们则会在拿到这份报告之后再结合病人的实际病情进行临床决策。
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掐指一算，又到了每年向各位朋友进行年终汇报的时间，不过「年终」硬生生地让我从 1 月 1 号元旦拖到农历春节前夕（发出这篇文章的时候应该已是初二了）。
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如果你目前的学习或者工作和「肿瘤研究」相关，面对日新月异的研究进展，想必总会在实际工作开会或者看文献的时候发现各种奇奇怪怪的基因和名次。问同事，有点不好意思，鼓起勇气问了很可能就也记不住。（好吧以上都是我目前的现状）。
基于以上原因，借助 Google CSE 的羊毛，我就整了这么一个叫做 OncoSearch 的小工具。开发成本可以说是没有，但着实解决了自己现在非常棘手的问题，于是也推荐给可能需要的你。
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防杠声明： 如果以下内容你认为哪里不对，那一定是你的问题。emmm，说明你已经不是这个领域的新人啦，大佬喝橙汁，恭喜恭喜！
迷途知返： 如果你想长期在某一个领域深耕，关注相关的研究文献进展。我推荐你像追剧一样读文献，关于这个话题我曾经录过一期单人播客，当时发布以后得到了不少反馈。如今的我依旧非常推荐你听一听这期播客，找一些追踪文献的思路喝灵感。
今天这篇小文则想与你讨论如何在一个陌生领域里开始读文献。进入新领域，最难的事情是什么？没有人脉没有资源还听不懂黑话。因此，以下21字箴言送给你。
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前几天读到了一篇文章 Write 5x more but write 5x less，作者Mike Crittenden是一位Engineering Manager，也是一个日更博客的作者。
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过去两三个月有好有坏有不少事情，如果只能用一个词来形容就是「痛苦」。发现自己是一个能够熟练反向应用二八法则的人，用80%的时间做20%不重要的事情。
自己的问题，需要自己解决。
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本科毕业时因为准备考研，我曾用前前后后一多年的时间整理了一本 30 多万字的文集，5 年多时间这个小册子如今还会被一些学弟学妹读到。随着进入 6 月下旬，自己 6 年的硕博生活也即将走入尾声，过去 6 年我能分享的东西并不多，但终究还是要写些东西作为总结和纪念。
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最近有两件事让我感触比较深，一件发生在自己身上，是之前找工作初期的迷茫与局促；另一件是公共事件，最近发生在复旦大学的教师杀人案件。关于公共事件，目前官方披露的实际细节并不全面，当事人双方我也完全不了解，这里无意讨论。但这两件事让我联想到了一个国内长久以来存在的问题：针对高校学生和科研工作者的职业教育缺失。
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全球前 2%顶尖科学家榜单是由斯坦福大学 John P. A. Ioannidis 教授团队与 Elsevier 旗下 Mendeley Data 发布的一个科研人员「内卷」清单。
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本文首发于少数派
我不是产品经理也没有什么关于产品的深刻研究，但是我用过的笔记类工具时长和数量还算不少。这次说说对一个国内笔记类工具新秀的观察和思考。嗯，也不用藏着掖着，就是 wolai。
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前几天读到一篇英文博客深以为然，所以翻译一下和大家分享。以下 24 个提示不仅适用于生物信息而是适用于所有科学研究，看似简单但需要我们时刻留心。
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2020 年 12 月我在会员通讯发布了第一次「熊言熊语全员协作」活动。大家一起通过三个问题回顾自己的 2020 年。三个问题分别是：今年我最大的收获是；今年我最大的遗憾是；我想对去年此时的自己说什么。
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兵马未动粮草先行，写毕业论文需要做很多思想建设，有一个顺手的写作工具和一个方便的文献管理工具可以给人一些动力和勇气。
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在 Linux 中跑各种任务或者循环命令的时候，有一个高频的需求是截取一部分文件名。例如有文件 XXX_aaa.bb 和 YYY_aaa.bb ，很可能我们需要提取出 XXX 和 YYY 来给后续的文件进行命名。
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我对简书这个平台的感情很复杂。我 2015 年开始把当时自己的考研复习笔记放到网络上，那个时候意外发现了简书，当时的首页还完全是编辑推荐，需要自己给专题投稿然后如果入了编辑的法眼才有可能会被推荐到首页上。
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本周把自己一年多没更新的个人公众号(思考问题的熊)更新了一次，结果很快就有了五十多条留言。
很多人都在反馈自己过去三四年发生和经历的事情，很神奇的感受，看似没有交集但是却也没有断了联系。
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2019 年底（其实也就是半个多月之前）听了 renkun 大神在上海 R 会议的一个分享，分享主题是「Rstudio vs VSCode」，然后他紧接着又写了两篇使用 VSCode 进行 R 开发的博客。仔细了解之后，感觉自己有救了。
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首先说明一点，因为本文的读者中可能单独使用 macOS 的为少数，所以下文介绍的所有工具尽量满足双平台通用（Windows 和 macOS）。
它们不一定是在 macOS 的最佳选择，如果你仅使用 macOS，文章中提到的思路和工具仅供参考。如果你同时在使用 PC 和 Mac，那么这是我目前摸索出来的比较满意的双平台通用方案，希望对你有所帮助。
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如果你问我每天什么时候效率最高，我想可能是摸鱼的时候。高效摸鱼有很多技巧，关键之一就是不能在浑水里摸鱼。一定要去正确的地方，清楚的看到鱼在哪里，一摸一个准。
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10 月 30 日，Bioconductor 3.10 正式发布，该版本的 bioc 共包括了 1822 个软件包，384 个实验数据包，952 个注释包和 27 个工作流程，基于 R 3.6.1。
其中，新的软件包有 93 个，新的数据包 15 个，新的注释包 2 个，大量的旧包都进行了一波更新。
接下来推荐几个值得关注的最新软件包，以及一些经典包的重要更新。