2025-11-16 17:00:55
这里记录值得分享的生信相关内容，每半月发布。
本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
单细胞基因表达数据（如scRNA-seq数据）虽然噪声较高，但仍包含足够的基因型信息，使得通过eQTL关联预测基因型并跨数据集链接到个体成为可能，从而带来此前被低估的隐私泄露风险。
1、Science | 单细胞染色质开放性“提纯”肿瘤“调控程序”
该研究利用TCGA样本构建了跨8种癌症、22.7万细胞核的单细胞染色质可及性图谱，区分出癌细胞与微环境细胞，并训练可解释深度学习模型，揭示癌症特异性调控语法、亚克隆差异及非编码突变对染色质可及性的功能性影响，为解析人类原发癌恶性表型的分子程序提供新资源。 - 论文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.adk9217
2、Bioinformatics | Pangene：李恒开发泛基因图谱构建工具——探索群体基因组时代研究新方向
该研究开发了全新工具 Pangene，它能够基于单倍型群体基因组学数据，一站式解析并可视化基因结构变异，把所有变异整合成一张“全景图”，精准呈现整个类群的遗传多样性。 - 论文链接：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/40/7/btae456/7718494#476450906
3、上科大团队带来“双子座”模型，AI筛选药物如何实现“集百家之长”? | 上海国际计算生物学创新大赛
上科大GeminiMol团队凭“双子座”AI模型在上海国际计算生物学创新大赛夺冠，该模型首次大规模整合小分子动态构象空间与对比学习，1小时筛完1800万化合物，可集多活性分子之长生成新结构，在难啃的NMDA受体赛道验证普适性，为AI药物设计提供新思路。 - 论文链接：https://advanced.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/advs.202403998
4、50年的前沿研究：Nucleic Acids Research(NAR)
1974年，伯明翰大学的 Richard T. Walker、A. Stanley Jones 与耶鲁大学的 Dieter Söll 三位远见编辑创办 Nucleic Acids Research，旨在打破学科壁垒、汇聚核酸及相关领域的研究成果；半个世纪后，NAR 已成长为生命科学顶级期刊，持续引领并见证学科创新。
AnVIL是NHGRI打造的联合云平台，通过 Terra、Galaxy 等组件把 PB 级基因组数据、分析工具与弹性算力集中在同一安全空间，让研究者无需搬运数据即可在线协作完成人口规模分析，从而颠覆传统共享模式，加速科学发现。
diceplot包允许为包含两个以上分类变量和额外连续变量的数据集创建可视化图表（骰子图）。该工具对于探索复杂的分类数据及其与连续变量之间的关系特别有用。
7、PanDepth | 用于快速有效的基因组覆盖率计算工具
支持排序或未排序的 BAM 和 CRAM 格式对齐文件，并接受 GTF、GFF 和 BED 格式或特定窗口大小的配置文件。
8、citadel
一个可以轻松实现管理电子书库的工具。
一款利用AI技术提高图片质量的软件。
Humanity’s Last Exam 由全球 50 国、500 余家机构的近千名专家联合打造，汇集 2500 道横跨百门学科的高阶难题，对主流大语言模型进行闭卷测试，为评估通用智能进展提供全新硬核基准。
「Openbiox 生信周刊」运维小队： - @ShixiangWang（王诗翔） - @kkjtmac（阚科佳） - @NiEntropy（赵启祥） - @He-Kai-fly（何凯） - @JnanZhang（张佳楠） - @Tomcxf（陈啸枫） - @wangdepin（王德品） - @kongjianyang（空间阳） - @donghongyu2020（董弘禹） - @DrRobinLuo（罗鹏） - @Wangcy-rachel（王春阳） - @zoe3251（舒晨阳） - @yanbin85 （严彬） - @MadDERt（王章宇）
这个周刊每周日发布，同步更新在微信公众号「生信协作组」（elegant-r）上。
微信搜索“生信协作组”或者扫描二维码，即可订阅。
（完）
2025-11-02 12:16:54
这里记录值得分享的生信相关内容，每半月发布。
本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
科研人员太多单打独斗，无法集中优势资源，优化配置。而如华为这般大型企业，通过各方资源整合，在科技、成果、经济等方面都走在了前列。换个角度来讲，也许，是科研人员更需要有组织科研，来完整的实现科研价值，成为可以站上庆功宴的人。
基底细胞是气道上皮的主要组成部分，且其标志物如KRT5和p63在LUSC中广泛表达，因此被认为可能是LUSC的起源细胞。研究发现，致癌物暴露导致肺基底细胞发生异常的克隆扩增和迁移，少数高度突变的克隆在支气管区域主导并形成癌前病变。通过多点测序，验证了这些病变之间的克隆相关性，揭示了基底细胞克隆动态和命运转变是肺部“癌变场域效应”的关键驱动因素。
2、Cell |李汉杰团队利用单细胞测序技术发现与体型大小相关的免疫细胞：外周小胶质细胞
该研究通过跨物种、高时空分辨率的单细胞转录组测序技术，结合多组学分析手段，首次在外周神经系统中发现了一群与中枢神经系统小胶质细胞具有相同分子特征、且与物种体型大小相关的小胶质细胞，并将其命名为PNS microglia。
3、ChatNT：首个支持DNA/RNA/蛋白的生物ChatGPT来了！
该研究介绍了由InstaDeep和BioNTech联合推出的全新生物AI助手——ChatNT。ChatNT 让生物序列第一次“说人话”，也让科研人员第一次不写代码就能高效提问基因组。它是生物界的 ChatGPT，正在开启通用生物智能助手的新时代。
本文希望围绕“Transformer到底是解决什么问题的”这个角度，阐述NLP发展以来遇到的关键问题和解法，通过这些问题引出Transformer实现原理，帮助初学者理解。
5、基因选择压力分析 | Ka/Ks, Dn/Ds 大规模计算，更快更准！
本文介绍了TBtools软件中基因对Ka/Ks计算功能的高效实现方案。与传统Emboss Needle程序或常见的MUSCLE调用方案相比，TBtools通过自研算法实现了速度的百倍提升，将万对基因的计算从数小时缩短至一分钟内，并在速度与准确性上取得了最佳平衡。
本文介绍了R包corrplot，其提供了多种相关矩阵可视化方法，支持显著性检测、矩阵重排序以及置信区间展示，适用于生物信息数据的探索性分析。
本文介绍了用于绘制条形图的R包ggtreebar的基本用法，提供了一种简洁有效的方式来展示数据的层次结构。
8、三维太复杂？FlatProt上线：用二维“展平”蛋白质结构，精准比对一目了然！
FlatProt是一款用于将蛋白质三维结构转化为标准化二维图形的开源工具。它通过快速的结构对齐和简化，可帮助科研人员高效地进行蛋白家族的结构比对与保守性分析，支持快速生成高质量SVG图形，适用于AlphaFold结果分析、结构域演化研究等多种场景。
- 工具链接：https://github.com/t03i/FlatProt
- 文章链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.04.22.650077v1.full.pdf
9、告别 LaTeX 排版烦恼：TeXtidote，你的智能代码矫正写作伙伴！
TeXtidote 是一款专为 LaTeX 文档设计的智能校对工具，能精准进行拼写、语法检查，并支持 LaTeX 特有的内容，如图表引用和标题规范。它通过命令行运行，支持多种输出格式，帮助用户高效提升文档质量，简化写作过程。 - 工具链接：https://github.com/sylvainhalle/textidote
MTiOpenScreen 是一个在线虚拟筛选平台，提供基于 AutoDock 和 AutoDock Vina 的两大核心服务：MTiAutoDock（小分子对接）和 MTiOpenScreen（化学库虚拟筛选）。它支持用户上传自己的分子库或选择预定义的药物库，支持最多 5000 个分子的筛选。
一个专为ggplot2扩展开发者提供的资源库，包含插件介绍、开发文档和最佳实践等。
12、NODESCHOOL
一个基于Node.js的开放式技术学习平台。它提供了一系列交互式命令行教程作为核心学习资源。这些资源覆盖了从JavaScript、Node.js基础到Git、npm、Electron等全栈开发的系统化课程，所有课程均可通过npm命令免费安装并支持离线学习。
「Openbiox 生信周刊」运维小队：
- @ShixiangWang（王诗翔）
- @kkjtmac（阚科佳）
- @NiEntropy（赵启祥）
- @He-Kai-fly（何凯）
- @JnanZhang（张佳楠）
- @Tomcxf（陈啸枫）
- @wangdepin（王德品）
- @kongjianyang（空间阳）
- @donghongyu2020（董弘禹）
- @DrRobinLuo（罗鹏）
- @Wangcy-rachel（王春阳）
- @zoe3251（舒晨阳）
- @yanbin85（严彬）
- @MadDERt（王章宇）
这个周刊每周日发布，同步更新在微信公众号「生信协作组」（elegant-r）上。
微信搜索“生信协作组”或者扫描二维码，即可订阅。
（完）
2025-10-19 11:52:08
这里记录值得分享的生信相关内容，每半月发布。
本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
Source: Mitalipov Laboratory
“一稿多投”一直被认为是不端的行为，但这个“规矩”是在纸质时代信息沟通不畅的情况下制定的，近年来有关取消这一观念的声音已振聋发聩！
国际顶级期刊Nature 职业专栏（Nature Career Column）发表文章指出禁止“一稿多投”不仅延误了科研工作的进程，还阻碍了科学信息的快速传播，学术期刊不应利用这项不合理的政策囤积投稿，“是时候废除‘一稿多投’禁令了。”
@ShixiangWang：AI和互联网极快地加速了学术工作的宣发，传统的机制越来越无法适用当前快节奏的时代。其实从数学/AI等普遍以预印本发表早有端倪，现在越来越多预印本的使用也会更快地加速这个过程。
1、Science丨破解FOXA1突变“双重人格”，前列腺癌治疗需“分型而治”
该研究首次系统性地揭示了FOXA1基因的两类功能性突变如何分别驱动前列腺癌的两种“恶性进化路径”，为前列腺癌的异质性提供了机制解释，并为基于突变分类的个体化治疗奠定基础。
2、Nature | 三发：斯坦福张元豪等揭秘癌症中的ecDNA，影响较既往认知更大、遗传方式突破基本定律
发表在《自然》杂志上的三篇论文指出，染色体外DNA（ecDNA）在多癌种中有广泛分布、流行率较既往认知高得多；在分裂过程中，多个ecDNA聚集形成ecDNA中心，以保证能连接在一起发挥作用的ecDNA在细胞分裂时被分配到同一个子细胞中继续发挥作用；ecDNA由于大量转录，会出现内源性DNA损伤，故很可能含有ecDNA的癌细胞高度依赖多复制应激调节机制以避免DNA损伤水平过高。作者认为ecDNA癌细胞通过检查点激酶1（CHK1）来管理DNA损伤，CHK1抑制剂很有可能触发ecDNA癌细胞死亡。实验结果表明在FGFR2扩增的SNU16胃癌异种移植模型中，CHK1抑制剂BBI-2779联合FGFR抑制剂infigratinib能有效避免耐药性的产生。
文章链接：
Bailey, C., Pich, O., Thol, K. et al. Origins and impact of extrachromosomal DNA. Nature 635, 193–200 (2024). https://www.nature.com/articles/s41586-024-08107-3
Hung, K.L., Jones, M.G., Wong, I.TL. et al. Coordinated inheritance of extrachromosomal DNAs in cancer cells.Nature 635, 201–209 (2024). https://www.nature.com/articles/s41586-024-07861-8
Tang, J., Weiser, N.E., Wang, G. et al. Enhancing transcription–replication conflict targets ecDNA-positive cancers. Nature 635, 210–218 (2024). https://www.nature.com/articles/s41586-024-07802-5
3、Nature medicine | 基于区块链的临床和遗传数据共享框架助力精准医学应用
精准医学旨在根据患者的遗传、生理和环境特征，为其提供个性化的医疗方案。实现这一目标的关键在于整合临床和组学数据，以深入理解遗传背景下的临床观察结果。然而，现有的数据共享系统面临诸多挑战，例如不同数据类型的整合、互操作性、安全性以及数据所有权等问题。区块链技术具有安全、不可篡改和去中心化的特性，为解决这些挑战提供了潜在的解决方案。
基于这个概念，研究人员开发一个基于区块链技术的去中心化数据共享平台（PrecisionChain），以统一临床和遗传数据的存储、检索和分析，促进精准医学应用。PrecisionChain 提供了一个安全、可扩展的去中心化框架，用于整合临床和遗传数据，促进精准医学应用。该平台能够高效索引多模态数据、支持多模态查询和分析，并有效解决区块链技术面临的挑战。
本文介绍了统计学中通过非劣效性检验（Non-Inferiority）以及等效性检验（Equivalence）进行样本估计的原理方法，并提供相关案例。
5、ggdendroplot：在R语言中使用ggplot2绘制定制树状图
ggdendroplot可在 ggplot2中绘制高度可修改的树状图。树状图可以轻松修改并添加到现有的 ggplot 对象中。
Git 是现代软件开发过程中必不可少的版本控制工具。良好的 Commit Message 可以帮助开发人员更好地了解代码的历史、原因以及改动的目的。本文将介绍为什么要编写高质量的 Commit Message，如何编写有效的 Commit Message，以及有哪些工具可以帮助我们编写好的 Commit Message。
该推文从9层境界帮助读者深层次理解EM算法，解释了EM算法的重要性。
8、AI大模型工具 | scBERT：对scRNA-seq数据进行细胞注释
目前单细胞类型注释方法大概可以分为三类：使用marker基因注释、基于相关性的方法注释，以及通过监督分类注释。其中最后一种是遵循机器学习中的经典范式，即识别基因表达谱中的模式，然后将标签从标记数据集转移到未标记数据集。由于模型容量有限，大多数方法需要在将数据输入分类器之前进行高度可变基因（highly variable gene，HVG）选择和降维。然而HVG在不同批次和数据集中存在差异，降维可能会丢失高维信息以及基因水平的独立可解释性。HVG选择和降维的参数设置未能达成共识，造成性能评估的人为偏差。容易忽略稀有细胞类型关键基因以及基因之间相互作用信息。
为此，研究人员开发了scBERT模型，用于scRNA-seq数据的细胞注释。通过预训练和微调范式，验证了在大规模未标记scRNA-seq数据上应用自监督学习的能力，以提高模型的泛化能力和克服批次效应。广泛的基准测试表明，scBERT能够提供稳健且准确的细胞类型注释，并具有基因水平的可解释性。
10、genomepy ｜ 一行命令下载最新基因组（FASTA）和注释（GTF/GFF）
genomepy 是一个功能强大的 Python 工具，旨在简化和自动化基因组数据的查找、下载、管理和预处理流程，让您能更专注于核心的生物学问题。
安装：
conda install -c conda-forge -c bioconda 'genomepy>=0.15'
11、硬核生物信息学系列汇总
「观科研」公众号生信相关推文汇总，涉及R语言、Bulk RNA测序、单细胞RNA测序、代谢组学等。
棒棒图常用于展示位点突变情况，本文介绍了10个相关的工具。
「Openbiox 生信周刊」运维小队：
@ShixiangWang（王诗翔）@kkjtmac（阚科佳）@NiEntropy（赵启祥）@He-Kai-fly（何凯）@JnanZhang（张佳楠）@Tomcxf（陈啸枫）@wangdepin（王德品）@kongjianyang（空间阳）@donghongyu2020（董弘禹）@DrRobinLuo（罗鹏）@Wangcy-rachel - 王春阳@zoe3251 - 舒晨阳@yanbin85 - 严彬@MadDERt - 王章宇这个周刊每周日发布，同步更新在微信公众号「生信协作组」（elegant-r）上。
微信搜索“生信协作组”或者扫描二维码，即可订阅。
（完）
2025-09-21 10:34:04
这里记录值得分享的生信相关内容，每半月发布。
本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
高等教育规模整体扩大，加上查重、AI率等检查指标盛行，大学生想要顺顺利利完成毕业论文越来越难。大学生主要因为学术训练不够，九成本科毕业生觉得写毕业论文有难度。本科论文的必要性，讨论其实由来已久，部分老师和学生认为应该取消本科毕业论文要求。
1、Nature | 颉伟课题组揭示哺乳动物早期胚胎中染色质高级结构重建与胚胎超转录机制以及相互促进关系
文章系统研究了小鼠早期胚胎中染色质高级结构逐步建立过程的调控机制，并揭示了其与一种特殊“超转录”状态之间的双向作用，超活跃的转录活动与染色质高级结构相互促进，共同推动胚胎发育基因程序。此项工作为理解转录与三维基因组结构之间的耦合关系提供了新的思路。
2、Cell |癌症免疫大数据平台CIDE：揭示基于分泌蛋白的新免疫疗法
文章自主研发了癌症免疫大数据平台CIDE，首次系统解析了人体中1900余种编码分泌蛋白的基因在肿瘤免疫微环境中的调控作用。其中酰氧酰基水解酶（AOAH）能特异性清除免疫抑制性卵磷脂及其氧化产物，犹如“化雪春风”般解除肿瘤免疫抑制，显著增强T细胞受体识别弱抗原的能力并保护树突状细胞的抗原递呈和共刺激功能。
3、Nature | 填补92%组装缺口！65个近乎完整人类基因组发表，深度解析复杂遗传变异
文章通过对来自全球28个人群的65个多样性个体（主要来自1KGP）进行深度测序，成功构建了130个高度连续的单倍型基因组，填补了先前92%的基因组组装缺口，39%的染色体达到端粒到端粒（T2T）完整状态。
该研究对所有关于父母教育对新生儿、婴儿和 5 岁以下儿童死亡率影响的现有研究进行综合性全球系统评价和荟萃分析，发现母亲和父亲教育的增加均显示出与 5 岁以下儿童死亡率降低相关的剂量反应关系，其中母亲教育成为更强的预测因素。
推文介绍了机器学习中动态预测的优势、挑战和应用，并使用合成数据集介绍了代码实现。
6、焦虑的反面是具体：用3年AI实践和你分享这份AI科研心得指南
推文作者结合三年 AI 科研实践经历，讲述了自己如何从把 AI 当作写作和资料整理工具，逐渐过渡到科研中的思维伙伴。作者总结了三种与 AI 合作的姿态，提出用金字塔方法评价科研工具，并分享了 10 条可操作的行动建议，帮助科研工作者将焦虑转化为具体的实践与进步。
7、Paper2Poster：一键生成顶会级学术Poster，再也不用为赶会熬夜做PPT啦。
Paper2Poster是一种面向科学论文的多模式海报自动化生成方法，主要解决了如何根据论文创建海报以及如何评估海报。
推文介绍了PSweight包的主要功能、原理以及函数，并通过NCDS数据案例讲解PSweight包。
推文利用 python 和 deepseek 对自己依靠 quarto 构建的个人网站上的文章进行了全部的自动翻译，并讲述了实现方法。
10、25个经典蛋白质组学数据库为Astral-DIA添砖加瓦！
推文系统梳理了 25 个经典蛋白质组学数据库，包括 UniProt、GO、KEGG、STRING、PhosphoSitePlus、PDB 等，方便科研人员进行数据分析与深入探索。
推文详细介绍了5个功能强大的Github开源项目。
「Openbiox 生信周刊」运维小队：
@ShixiangWang（王诗翔）@kkjtmac（阚科佳）@NiEntropy（赵启祥）@He-Kai-fly（何凯）@JnanZhang（张佳楠）@Tomcxf（陈啸枫）@wangdepin（王德品）@kongjianyang（空间阳）@donghongyu2020（董弘禹）@DrRobinLuo（罗鹏）@Wangcy-rachel - 王春阳@zoe3251 - 舒晨阳这个周刊每周日发布，同步更新在微信公众号「生信协作组」（elegant-r）上。
微信搜索“生信协作组”或者扫描二维码，即可订阅。
（完）
2025-09-08 10:28:27
2025年已发布 5 期，涵盖生物信息学前沿研究、学术动态、工具资源等内容。
| 月份 | 发布期数 | 主要话题 |
|---|---|---|
| 九月 | 1期 | 科研经费管理 |
| 八月 | 2期 | 高等教育、生物医学 |
| 七月 | 2期 | 专业设置、学术评价 |
2025-09-07 18:53:23
这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。
本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
The Colors of Heredity-遗传的色彩
@kkjtmac 理想的研究是为探索未知，经费是必要的支撑。但现实中，当经费申请、预算执行和量化考核成为指挥棒时，科研便有异化为“为烧钱而研究”的风险。回归初心，让经费真正服务于好奇心和重大问题，而非沦为追逐指标的游戏，至关重要。
1、Nature | 陈鹏/伊成器建立RNA”暗码”，升级生命语言
北京大学陈鹏团队和伊成器团队通过RNA假尿嘧啶Ψ修饰的定点编程，创造了三个全新的“ΨCodon”密码子，并筛选出能特异性解码这些密码子的tRNA变体，实现了在蛋白质特定位点精准插入非天然氨基酸，从而操控蛋白质功能。与传统DNA密码子拓展技术相比，该RNA密码子拓展技术（RCE）具有更高的全局特异性和正交性，显著降低了脱靶效应，为精准蛋白质工程、合成生物学和生物医学研究提供了新的工具平台，也为设计人工合成生物体提供了新的编解码元件。
2、Nature｜癌症免疫疗法新突破：1种肠道细菌让PD-1治疗效果飙升
Nature上这篇研究成功从对PD-1阻断疗法有响应的患者粪便中分离出一种此前未被详细描述的新型细菌菌株YB328，并首次详细揭示了其通过特异性激活树突状细胞（DCs）来增强抗肿瘤免疫的分子和细胞机制。
3、Nature｜Y染色体缺失致男性癌症高风险，发现抗衰老与抗癌新靶点
该研究整合了4000余例男性癌症样本、逾100万个肿瘤微环境中细胞的单细胞转录组数据，并借助CRISPR小鼠模型和多平台组学，全面探索了Y染色体缺失的起源、传播路径及其临床意义。
这篇文章主要讨论了PE150测序模式下插入片段大小的选择问题：插入片段大小会影响测序结果的覆盖范围和质量。当插入片段大于300bp时，两端生成的150bp的reads无法覆盖中间区域；当插入片段在150bp到300bp之间时，两端的reads会有重叠区域，覆盖完整；而当插入片段小于150bp时，测序仪会记录无效碱基。文章建议常规文库构建的插入片段主峰在300bp到500bp之间，特殊文库如cfDNA和扩增子建库等有不同要求。插入片段的误差在几十bp范围内是可接受的，但严重偏离则意味着建库失败。插入片段过短会导致测序读到接头，造成数据浪费；过长则会降低成簇效率和测序质量。
这篇文章探讨了科研工作者实现财富自由的途径。在经济转型期，科研人员面临机遇与挑战。文章提出了三种成果转化方式：一是自己创办公司，将技术产业化，但面临融资、管理等难题；二是与人合伙，通过技术入股成立初创公司，需找到靠谱合伙人；三是通过专利许可或技术转让，但可能面临被压价风险。作者鼓励科研人员走出舒适圈，利用国家政策支持，将科技成果转化为生产力，实现自身价值。
6、P value、adjust.P、qvalue、FDR有何异同
文章介绍了P值、adjust.P、qvalue、FDR的概念及区别。P值是在原假设成立时观察到当前结果或更极端结果的概率。校正P值是为了解决多重比较问题，降低犯I类错误的概率。校正方法包括Bonferroni校正、FDR校正等，其中FDR是常用方法，通过控制假阳性比例来校正P值。qvalue是校正后的P值，用于控制整体FDR。这些都是生信分析中最基础常见的概念，推荐学习或者回顾。
这篇文章介绍了GPU网络的基础知识，特别是针对大规模训练语言模型（LLMs）的场景。文章指出，单个GPU训练大型模型耗时过长，因此需要大量GPU协同工作。这些GPU需要通过网络连接来共享进度和结果。文章讨论了全网状网络（full mesh）的不切实际性，因为需要过多的端口和电缆。接着介绍了使用网络交换机来简化连接，但指出单一的巨大交换机也不可行，因此需要分层交换架构。文章还讨论了水平扩展（scaling out）和垂直扩展（scaling up）的概念，以及它们在GPU集群中的应用。此外，文章还提到了GPU之间的通信方式，包括内部节点（intra-node）和节点间（inter-node）通信，并解释了为什么内部节点通信更快。最后，文章简要介绍了神经网络训练中的通信挑战，特别是all-reduce通信的重要性。
IOBR 2.0是一个用于肿瘤微环境和免疫特征分析的工具。IOBR 2.0 提供了六个模块，包括数据预处理、微环境解析、交互作用分析等。它整合了8种免疫浸润分析算法，如CIBERSORT、TIMER等，并提供了323个特征基因集。IOBR 2.0 支持多种数据打分和可视化方法，适用于多组学数据。
9、scitable包 | 一键生成彩色（危险分层 Risk Stratification）的列线图
scitable包是一个强大的R包，用于生成彩色列线图（Nomogram），可用于预测疾病风险。它基于回归模型，将多个变量的值转换为直观的视图。该包支持多种自定义功能，如更改颜色、字体、添加风险分层等。通过简单的函数调用，可以快速生成高质量的列线图，适用于临床研究和生物统计分析。
10、PPI-ID | 让蛋白互作预测更精准高效的一款轻量化工具
PPI-ID 专为简化和优化 PPI 预测流程而设计，通过整合蛋白结构域（Domain）与短线性基序（SLiM）映射，极大提高了预测的效率与可信度。
「陈巍学基因」累计大量的生物技术/生物信息学知识视频图文分享，非常专业细致，推荐大家学习。PS：可能会过期，建议关注「陈巍学基因」公众号。
「Openbiox 生信周刊」运维小队：
@ShixiangWang（王诗翔）@kkjtmac（阚科佳）@NiEntropy（赵启祥）@He-Kai-fly（何凯）@JnanZhang（张佳楠）@Tomcxf（陈啸枫）@wangdepin（王德品）@kongjianyang（空间阳）@donghongyu2020（董弘禹）@DrRobinLuo（罗鹏）@Wangcy-rachel - 王春阳@zoe3251 - 舒晨阳这个周刊每周日发布，同步更新在微信公众号「生信协作组」（elegant-r）上。
微信搜索“生信协作组”或者扫描二维码，即可订阅。
（完）