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Issue 172

2025-08-22 17:25:00

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本周话题:为什么现在有的大学越来越像高中?

在《人物》报道中,同济大学教育现代化研究中心研究员李俊在观察中发现,过去大学时期是学生高考后开始自我探索、独立生活的起步阶段,但现在大学校园里几乎只剩下两种人——一种是习惯性延续着高中阶段学习方式、目标极为明确、拼命卷自己的学生,另一种则是高考后完全放松、无所事事的人。他提出疑问:为什么大学越来越像高中了?

  • @He-Kai-fly:高考的压力和竞争逻辑被延续到了大学,而大学原本作为自我探索、能力拓展的阶段,反而被“两极化”取代——要么继续“卷”到极致,要么彻底“躺平”。这背后既有社会就业焦虑、考研考编等竞争加剧的因素,也有高校培养模式同质化、缺乏多元成长路径的问题。

生信研究

1.Science | 微软公司开源发布生成式AI模型BioEmu,可快速、精准预测蛋白质多种构象状态

近日,微软研究院AI for Science团队开发了一种生成式深度学习模型BioEmu,能够以前所未有的效率和精度模拟蛋白质的构象变化。BioEmu能够在一个GPU小时内生成数千种构象状态,其速度显著优于传统MD模拟。此外,通过结合大量的蛋白质结构数据、超过200毫秒的MD模拟数据以及实验测量的蛋白质稳定性数据,BioEmu能以约1 kcal/mol的相对自由能误差准确预测蛋白质的平衡态构象。

参考文献:

  1. https://cen.acs.org/biological-chemistry/proteomics/Microsoft-AI-predicts-protein-conformations/103/web/2025/07
  2. https://phys.org/news/2025-07-ai-tool-protein-dynamics-aiding.html

2.Nat.Commun| 人工智能计算方法CGMega解析癌症基因模块

文章提出基于可解释图注意力机制的计算框架CGMega,实现了癌症基因模块的辨识与解析。

  • 文章链接:https://www.nature.com/articles/s41467-024-50426-6

3.Nature Machine Intelligence | 深度学习框架助力基因组数据提升肿瘤治疗

文章提出了一种解释性深度学习框架,称为ResGitDR,通过整合基因组数据和细胞状态,显著提高了癌症药物反应预测的准确性。

  • 文章链接:https://www.nature.com/articles/s42256-024-00866-y

4.2篇《自然》连发!樊荣/唐力团队揭示Type-2免疫增强肿瘤免疫疗法的重要机制

北京时间2024年9月25日23时,Nature同期连发两篇重磅研究,揭示了Type-2免疫在维持经CAR-T治疗的B-ALL患者超 8年无癌临床反应的关键作用,以及Type-2细胞因子Fc–IL-4协同Type-1免疫疗法高效、持久清除多种实体肿瘤的内在免疫学和分子生物学机制。这两项研究分别聚焦患者长期临床追踪(超10年)和临床前机理研究,得出了一致且相互支持的结论,即Type-2免疫可能在维持长效持久的抗癌免疫反应中起关键作用。这一发现揭示了Type-2免疫反应在肿瘤免疫中的未知功能,挑战了传统免疫学关于Type-2免疫应答在肿瘤免疫中负面作用的认知,并可能推动未来肿瘤免疫治疗设计的范式转变。

-论文链接: 1. https://www.nature.com/articles/s41586-024-07762-w 2. https://www.nature.com/articles/s41586-024-07962-4

博文资讯

5.因果森林(Causal Forest)的运用

因果森林(Causal Forest)是一种用于因果推断的机器学习方法。它基于随机森林(Random Forest)算法,但专门设计用于估计处理效应,即不同处理(或干预)对结果的影响。该文介绍因果森林模型在R语言中的运用。

6.全球AI for Science领域顶尖科学家李子青教授出任百图生科首席科学家

BioMap 百图生科宣布,全球人工智能领域的顶尖专家、西湖大学人工智能讲席教授——李子青教授出任百图生科首席科学家(AI大模型)。李教授将指导和带领公司多个AI大模型项目的研发与应用,参与公司整体技术战略的规划和执行,为公司在“AI for Life Science”领域的前沿创新提供战略支持。

7.英国生物银行与牛津纳米孔达成合作,构筑五万人表观遗传图谱

牛津纳米孔公司的突破性基因测序技术将对英国生物银行的 50,000 个样本进行分析,以创建全球首个“表观遗传图谱”。

工具

8.猫步简历 | 一款开源免费的简历制作神器

  • Github:https://github.com/Hacker233/resume-design

9.Lightpanda | 专为AI和自动化设计的浏览器

10.podscript | 使用语言和语音转文字模型生成播客字幕

资源

11.Tidy design principles

本书的目标是帮助你编写更好的R代码。

12.medicaldata-包含19个医疗数据集的数据包

这是一个包含19个医疗数据集的数据包,用于借助R语言教授可重复的医学研究相关知识。这个数据包对于任何向医疗专业人员(包括医生、护士、药剂师、实习生和学生)教授R语言的人来说都非常有用。这些数据集涵盖范围广泛,既有詹姆斯·林德1757年的坏血病数据集的重构版本、1948年原始的链霉素治疗肺结核试验数据,也有2012年吲哚美辛预防ERCP术后胰腺炎的随机对照试验数据,还有关于SARS-CoV2检测结果的队列数据等。许多数据集来自美国统计协会的TSHS(健康科学统计学教学)资源门户,该门户由马萨诸塞大学的卡罗尔·比奇洛维护(已获得许可)。开发版本中越来越多的数据集是由弗兰克·哈雷尔从其网站慷慨捐赠的,这些数据集目前仅存在于GitHub上的开发版本包中,预计将于2023年6月纳入CRAN。

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生信爱好者周刊(第 171 期):《自然》:150多年后,性爱的感官秘密终于解开

2025-08-03 00:50:24

生信爱好者周刊(第 171 期):《自然》:150多年后,性爱的感官秘密终于解开

  • 内容编辑:王诗翔
  • 校对编辑:阚科佳

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虚拟细胞,图源:https://centuryofbio.com/p/virtual-cell

本周话题:《自然》:150多年后,性爱的感官秘密终于解开

研究人员发现,名为克劳斯小体的感觉神经细胞在雌性小鼠阴蒂(左)上比在雄性小鼠阴茎(右)上更密集。来源:Lijun Qi, Michael Iskols, and David Ginty

克劳斯小体(Krause corpuscles)是位于皮肤下紧包球体内的神经末梢,150多年前在人类生殖器中首次被发现。这种结构很像人类手指和双手上的触摸激活小体——这些小体会在皮肤穿过纹理表面时对振动做出反应。

Ginty与合作者利用各种机械和电刺激激活了雄性和雌性小鼠体内的克劳斯小体。这些神经元会对40-80赫兹范围内的低频振动放电。团队还发现,雄性和雌性小鼠的生殖器包含相等数量的小体,这些小体会在小鼠发育过程中随器官生长在空间上分散开来。基因改造后缺少克劳斯小体的小鼠无法正常交配,说明这个结构对于性的必要性。进一步研究这些神经细胞能帮助治疗勃起功能障碍和阴道疼痛这类疾病。

@ShixiangWang - 人是“有机”的机械装置,有时候对人体的运行图景感觉非常神秘和魔幻。从对世界的探索中,我们开发了多种科技技术来延展我们对世界的感知和反应,但对于机体内的这些秘密却感知和传播的极少。

生信研究

1、Cell | 让人人都能建立虚拟细胞实验室!科学家创建“细胞语法”,用人类语言预测细胞行为

文章创建了一套革命性的“细胞语法”,只需使用简单的人类自然语言描述,就能模拟癌细胞转移、免疫细胞作战甚至大脑发育,让没有编程背景的生物学家也能构建虚拟细胞实验室,从而加速癌症、神经科学等领域的突破。

  • 论文链接:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)00750-0

2、Genome Biology|综合比较评估24种变异效应预测方法

本研究旨在利用未被用于预测方法训练的人群水平基因型和表型队列数据,对现有的计算变异效应预测方法进行无偏评估,并确定哪种预测方法最能有效地推断人类性状。

  • 论文链接:https://doi.org/10.1186/s13059-024-03314-7

3、Nature Protocols | 使用clusterProfiler刻画多组学数据研究方案

文章将clusterProfiler应用到包括空间转录组、蛋白质组和表观基因组在内的多种组学数据。

  • 论文链接:https://www.nature.com/articles/s41596-024-01020-z

博文资讯

4、分位数回归的意义及用法

推文通过构建测试数据,将分位数回归计算与普通OLS回归进行比较,讲解分位数回归的意义及用法。

5、.git 子目录内部

git 是当代软件编码记录的核心基础工具,其主要通过构建一个隐藏的.git目录进行控制和管理,本文通过图文汇总形式揭秘。

6、Bash 脚本高级技巧

Bash脚本是Unix和Linux系统管理的基石,它提供了强大的工具来自动化重复的任务、简化工作流和处理复杂的操作。对于那些已经熟悉基本脚本的人来说,深入研究先进的技术可以解锁新的效率和能力水平。这篇文章将探讨Bash中的高级shell脚本技术,重点是脚本优化、健壮的错误处理和自动化复杂的系统管理任务。

工具

7、RustScan | 现代端口扫描器

8、Text to Logo & Favicon | 文本构造图标

9、DrugCLIP | 24小时内完成对1万个人类蛋白与5亿小分子的虚拟筛选任务

清华大学人工智能研究院与生命科学学院联合发布新成果——DrugCLIP,一项结合对比学习与稠密检索(dense retrieval)的AI系统,在24小时内完成对1万余个人类蛋白与5亿小分子的虚拟筛选任务,速度比传统方法快10万倍。更令人兴奋的是,该系统不仅在两个精神疾病靶点(5HT2AR和NET)中筛选出多个高亲和力分子,还首次建立了“基因组级”虚拟筛选数据库,面向全球开放,开启“后AlphaFold”时代的药物发现新范式。

  • DOI: 10.1101/2024.09.02.610777
  • 网址: https://www.drugclip.com/index

资源

10、DNA学习中心 DNA from the Beginning

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(完)

生信爱好者周刊(第 170 期):教育部今年增设29种本科专业,彰显什么新趋势?

2025-07-26 23:38:39

生信爱好者周刊(第 170 期):教育部今年增设29种本科专业,彰显什么新趋势?

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本周话题:教育部今年增设29种本科专业,彰显什么新趋势?

现在很多专业都在交叉,这是时代发展的需要,目前很多行业都需要复合能力的人才,国家强调新工科、新医科、新农科、新文科,“新”背后的含义就是交叉融合。此外,现在所谓新设的交叉专业,它是真交叉还是假交叉?交叉肯定是没问题的,但高校开设新专业到底是不是只是为了迎合时代、考生的需求,换汤不换药呢?现在很多专业都加上智慧、数字两个字,但只是穿了个马甲,课程内容还和原来一样。比如原来的制造业变成了智能建造,英语加上计算机、AI,但可能就是在培养方案里增加一门课就结束了,这是学校需要进一步去解决的问题。

  • @He-Kai-fly:本次增设反映了本科专业建设正向“多维融合、紧贴国家战略与产业发展、鼓励创新与跨界”方向递进。作为教育改革的重要一环,这种趋势有利于培养更具适应性和系统思维的新时代人才。未来,关键在于高校如何落地这些交叉专业——从课程设计、实践实训、师资组建到产业对接,都需要系统协同、持续优化。
  • @ShixiangWang:自己高考在十几年前了,新的专业名称理解都比较抽象。如果想要做好新的专业建设,还是需要师资、课程的合理配置。另外考虑新的专业成熟度不高,所以报考有相关风险,当然也可能是新的机会,需要平衡。

生信研究

1.Science丨胰腺癌隐秘抗原:T细胞的潜在靶点

研究系统性地鉴定了胰腺癌中由HLA-I分子呈递的隐秘抗原,这些抗原主要来源于lncRNA、UTR及内含阅读框,具有高度的癌症特异性。通过TCR筛选及TCR-T细胞功能验证,研究发现这些隐秘抗原能够被T细胞识别,并有效诱导对胰腺癌类器官的杀伤反应,显示出其作为免疫治疗新靶点的广阔前景。

  • 论文链接:https://doi.org/10.1126/science.adk3487

2.Cell Discovery |汤富酬课题组开发出基于单分子测序平台的NanoStrand-seq技术,实现基因组全局单倍型分型

该研究在国际上率先使用单分子测序平台开发了一种DNA模板链连锁测序的方法,称为NanoStrand-seq,该方法能够在整条染色体水平对SNP和结构变异进行精准从头检测和单倍型分型,具有极高的分型准确性(分别为99.98%和99.68%),而且该方法既适用于长期传代培养细胞,也适用于短期原代培养细胞,能够满足各种不同的实验需求。 - 论文链接:https://www.nature.com/articles/s41421-024-00694-9

3.Nat Commun | 张勇/阮珏团队合作开发低DNA用量、无扩增的PacBio建库技术LILAP

该研究开发了一种基于Tn5转座酶的低DNA用量(100 ng)、无扩增、低成本的PacBio建库技术LILAP。研究团队利用该技术实现了两个单只雄性黑腹果蝇的全基因组测序和高质量组装,同时获得了内共生菌Wolbachia完整基因组,展示出LILAP的应用价值。基因组分析还发现了两个突变特性:复杂转座事件更倾向于发生在non-B DNA序列富集的区域;基因转换(gene conversion)事件使转座子同质化。

  • 论文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-024-49992-6

4.Nature Methods | 陈玲玲组开发CRISPRdelight活细胞DNA成像新工具

该研究对现有的CRISPR-dCas12a系统进行了筛选优化,构建了可用于非重复序列DNA活细胞成像的CRISPRdelight系统;进一步利用CRISPRdelight系统揭示了基因位点在细胞核内的定位与其运动能力和转录活性的相关性;同时利用RNA适配体修饰的CRISPR串联序列实现了对4种卫星DNA的活细胞多色成像。

-论文链接:https://www.nature.com/articles/s41592-024-02333-3

博文资讯

5.PacBio推出首款桌面型长读长测序仪 — Vega

PacBio发布首款HiFi长读测序仪Vega,体积紧凑、成本经济,单次运行可测600全长RNA或200人基因组,兼容现有生态,是一个紧凑、中等通量的桌面式平台。

6.学习笔记:slurm作业调度系统

作者分享从零开始学习Slurm集群作业调度系统的笔记:介绍登录/计算节点、分区、调度器等概念,示范sinfo、squeue、sbatch、srun、scancel等常用命令及参数,并给出CPU、GPU及阵列作业脚本范例,强调勿在登录节点跑大任务,结尾附上了相关学习资料:环境变量与上交大手册链接。

7.无限滚动轮播的 CSS 实现

单纯利用 CSS 实现无限滚动的画面。

工具

8.GseaVis | 丰富的 GSEA 可视化 R 包

9.工具 | grateful:一键完成 R 包论文格式引用

R包grateful可一键扫描项目所用R包,自动生成含版本、引文的三线表或Word/LaTeX/PDF文档,支持多种引用格式与BibTeX输出,亦可在RMarkdown/Quarto中插入引用段落或表格,省去手动整理软件及参考文献的繁琐步骤。

10.基因组学大语言模型Evo2

Evo 2,它是目前生物学领域规模最大的生成式AI模型。Evo 2能够处理长达数百万核苷酸的基因组片段,并以单核苷酸分辨率精准识别突变,为基因研究带来了前所未有的可能性。

本文对 Evo 进行了介绍,并分享如何在线尝试使用它。

资源

11.资源推荐 | 定向进化

定向进化(DE)旨在利用达尔文选择的原则,在受控的实验室环境中提高生物实体(分子、细菌菌株等)的活性。DE通过重复两个主要步骤来进行:遗传物质的多样化和选择由其编码的分子以获得所需的性质。进化实验从活细胞、它们的共同体(生态系统)到复杂程度大大降低的体外系统(例如转录-翻译)。

12.顶刊美图社 | 第1-20期 | 复现汇总

顶刊图R语言复现,感兴趣可以学习一下

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生信爱好者周刊(第 169 期):为什么“杰青”要在 35 岁以下单开一条赛道?

2025-07-17 15:19:37

生信爱好者周刊(第 169 期):为什么“杰青”要在 35 岁以下单开一条赛道?

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本周话题:为什么“杰青”要在 35 岁以下单开一条赛道?

最近,朋友圈都在刷一条新闻,青年科学基金项目(A 类),也就是原来的“国家杰出青年科学基金”(“杰青”),将为 35 岁以下科研人员单设赛道。目前,“杰青”的申报年龄门槛是 45 岁之前,女性 48 岁之前。

按照国内学术圈的正常晋升路线,要想在 35 岁之前拿到“杰青”帽子是堪称地狱级难度的。如果由于各种各样的原因博士毕业得晚,30 岁博士毕业,基本没有机会尝试这个“杰青快速通道”。

所以这个 35 岁以下单设的“杰青赛道”,基本上是为一些同时具备天时地利人和的优秀苗子准备的,比如说中科院少年班或者其它“少年班”。这群人有足够的时间来容错。或者说医学院的“4+4”途径,能够快速拿到博士学位,而利好医学博士的政策还有,2024 年开始,“杰青”项目增加了“临床科学”这个选项。

生信研究

1.Cell |扎克伯格资助的 Biohub 研究所发表首个全细胞器蛋白质组图谱

2025 年 1 月 2 日,Cell 期刊在线发表了扎克伯格 Biohub 研究所 Manuel D. Leonetti 团队的文章 “Global organelle profiling reveals subcellular localization and remodeling at proteome scale”。本研究基于细胞器免疫捕获与质谱联用开发了一种高分辨率绘制亚细胞级蛋白质组图谱的工作流程。研究人员利用此流程获得了人类细胞全区室细胞器蛋白质组图谱,注释了 7,600 多种蛋白质的亚细胞定位,并定义了细胞空间网络,揭示了细胞区室之间的关联。该方法可以用于全面分析细胞扰动期间的蛋白质组重塑。作者通过表征 HCoV-OC43 病毒感染后的细胞景观,表明亚细胞重塑的蛋白质组分析为阐明细胞生物学过程提供了关键见解。

  • 文章链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867424013448

2.Cell |华大等团队取得时空算法重大突破,将全面支撑发育、疾病等研究

空间转录组学技术,尤其是华大时空组学技术 Stereo-seq 的出现,能够准确反映细胞的空间排布和 RNA 的原位表达,帮助科研人员从时间和空间维度上认知每个基因、每个细胞,有望带来生命科学领域的第三次科技革命,成为重新认知器官结构、生命发育、物种演化和定义疾病的底层工具。

2024 年 11 月 12 日,华大生命科学研究院联合斯坦福大学医学院、武汉大学电子信息学院等机构在国际顶级学术期刊 Cell 发表时空算法工具包最新研究。该国际协作团队借鉴了物理学、地理学、经济学等多个跨学科领域的数学模型,开创性开发了三维时空建模工具包 Spateo,使空间转录组学技术能够精细地重构器官三维结构、系统地量化时空动态过程。该工具包的发布标志着时空组学研究迎来革新性突破,可全面支撑胚胎发育、脑科学、疾病等领域研究,为实现高精度时空生命全景观研究迈出了极为关键的一步。

  • 文章链接:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01159-0

3.Advanced Science | AutoBA:一个用于生信多组学分析的完全自动化 AI 代理

2024 年 10 月,由华为和阿卜杜拉国王科技大学合作完成的一项生信分析与大语言模型相结合的工作发表在 Advanced Science 上。

该文介绍了一个名为 AutoBA(Automated Bioinformatics Analysis)的人工智能代理,它专门设计用于全面自动化的多组学分析。AutoBA 基于大型语言模型(LLMs),能够简化分析流程,仅需最少的用户输入,同时为各种生物信息学任务提供详细的逐步计划。

  • 文章链接: https://advanced.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202407094

博文资讯

4.美貌的遗传本质

为什么瓜子脸女孩是美女,为什么大眼睛姑娘招人爱,为什么细腰妹妹让人心动,为什么女生化妆先涂口红,为什么一白抵三俏,为什么银铃般的女声让男人销魂。本文从遗传学角度,以视频/文本为你一一道来。

5.深度解读 2024 年诺贝尔生理学奖——发现并确认 microRNA 的调控作用

本推文将深度解读 2024 年诺贝尔生理学奖——发现并确认 microRNA 的调控作用。

推文/视频将分为两个大部分:

一、2024 年诺贝尔生理学奖的获奖内容的概要。

二、获奖项目中的三篇主要论文做技术层面的深度讲解,讲解论文作者用什么样的实验方法、技术手段,得到了什么数据结果,又如何整合这些数据结果,来研究并判定 microRNA 对时间发育的调控作用。

6.窦贤康:将大幅度提高优秀青年基金的额度和数量!

在第四届“青年科学家 502 论坛”开幕式上,中国科学院院士、中国科协名誉主席韩启德发表调研报告《关于促进青年科学家成长的几点想法》,并与中国科学院院士、国家自然科学基金委员会主任窦贤康,中国科学院院士、中国科学技术大学常务副校长潘建伟,中国科学院院士、西湖大学校长施一公展开了有关“如何为青年科学家成长创造更好条件”的对话。

工具

7.BiomiX:一种用户友好型生物信息学工具,用于多组学数据的自动化分析和整合

BiomiX 是一个多组学的数据分析包,可提供用于转录组学、代谢组学、甲基组学和其他数据的高度可定制的 pipeline,并提供零代码的数据整合工具。

  • 工具链接:https://ixi-97.github.io/

  • 文章链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.14.599059v1.full

8.PlantGPT!华南农大刘耀光/祝钦泷团队联合清华大学建立智能植物功能基因组学问答平台

华南农业大学农学院、未来作物精准育种基础研究卓越中心、亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室和岭南现代农业科学与技术广东省实验室刘耀光院士/祝钦泷研究员团队与清华大学合作在 Advanced Science 在线发表了题为 PlantGPT: An Arabidopsis-based Intelligent Agent That Answers Questions About Plant Functional Genomics 的研究论文。该工作开发了一个以拟南芥为基础的植物功能基因组学专家问答系统 PlantGPT(http://www.plantgpt.icu),通过融合检索增强生成(RAG)技术和大语言模型(LLM)微调方法,实现了对植物功能基因组学专业问题的精准回答,为植物科学研究领域提供了全新的人工智能辅助工具。

  • 工具链接:http://www.plantgpt.icu

  • 文章链接:https://advanced.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202503926?af=R

资源

9.自洽的程序员

首先,这不是一本程序员的技术书籍,整本书不会提及任何一个技术词汇,这也不是一本教你如何规划职业生涯,如何在职场走个更远的书,虽然我相信大部分内容确实有助于在职场的发展。

但这本书的真正用意是想解决工作过程中碰到的焦虑、倦怠、迷茫、抑郁等情绪,聚焦于解决具体问题,通过改变认知将我们从负面情绪的泥淖中走出来,做到更坦然,真诚的面对自己的内心,成为一个自洽的程序员。

总而言之,这不是一本成功学的书,它不会教你如何赢,笔者本身也不是一个世俗意义上成功的人,而是一本帮你梳理情绪,转变心境的书。

  • 资源链接:https://github.com/zhangchenchen/self-consistent-coder

10.wowyou

  • 资源链接:https://tools.wowyou.cc/

wowyou 是一个面向开发者的工具合集

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生信爱好者周刊(第 168 期):”future you“ AI工具,可模拟未来的自己

2025-06-22 13:28:21

生信爱好者周刊(第 168 期):”future you“ AI工具,可模拟未来的自己

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本周话题:”future you“ AI工具,可模拟未来的自己

麻省理工的研究人员推出了一款名为“未来的你”(Future You)的AI工具,可以模拟用户30年后的状态。该工具会要求用户回答一系列关于目前生活状况的问题,然后根据回答为用户模拟30年后的生活状态,如果用户上传自己的照片,还能生成30年后的外貌。

生信研究

1、Nature | 通过整合全基因组关联研究和空间转录组数据定位复杂疾病相关细胞的空间分布

文章开发了一种新的分析方法gsMap,通过整合全基因组关联研究数据和空间转录组数据,描绘了人类复杂疾病(性状)相关的细胞在组织中的空间分布。

  • 文章链接:https://www.nature.com/articles/s41586-025-08757-x

2、Nat Commun | 跨越39种人类细胞类型的等位基因特异性DNA甲基化综合图谱

文章绘制了跨越39种人类细胞类型的等位基因特异性DNA甲基化综合图谱。除利用深度全基因组测序、涵盖所有主要人类细胞类型等特点外,该图谱的一个突出优势就是基于纯化的、新鲜分离的各细胞类型的DNA绘制。

  • 文章链接:https://www.nature.com/articles/s41467-025-57433-1

3、Genome Biol | 纳米孔RNA直测新方法DEMINERS

研究开发出一款名为DEMINERS的创新纳米孔直接RNA测序(DRS)盒分析框架,突破了传统DRS技术在样本混合、碱基识别及数据分析方面的局限,实现了多达24个样本的同时直接测序以及高达93.54%的碱基识别准确率。

  • 文章链接:https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-025-03536-3

博文资讯

4、让conda与Rstudio无缝衔接

推文介绍了如何通过创建 Conda 环境并修改 Rstudio 配置来使用 Conda 环境中配置的 R 版本。

5、 EBiomedicine | 用 R 快速重建 eBioMedicine 分段回归图

推文使用模拟数据复现了BPFI (Blood Pressure Response Index)与死亡风险的非线性关系,并使用 R 快速重建了分段回归图。 - 文章链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39059317/

6、Rust Coreutils 0.1 正式发布:性能超越 GNU,重新定义命令行工具

推文介绍了Rust Coreutils 0.1该工具的优点。相对于传统的Coreutils而言,用Rust重写的Coreutils命令功能得到强化,其速度更快,占用内存更低,运维体验更好。

工具

7、 Deep-Live-Cam | 一种基于 AI 技术的开源的人脸替换工具

Deep-Live-Cam是一款深度伪造软件,它可以帮助艺术家为自定义角色制作动画、创作引人入胜的内容,甚至可以使用模型进行服装设计。

8、tinytable | R中的简单和可定制表格

9、DSCRIPT | 一种针对蛋白质-蛋白质相互作用序列预测的结构感知可解释深度学习模型

  • 官网:https://dscript.csail.mit.edu/

资源

10、Arc细胞虚拟图谱

“Arc虚拟细胞图谱”是一个由高质量、精心策划的开放数据集组成的集合,旨在加速虚拟细胞模型的创建。该图谱包含了超过3.3亿个细胞(且数据量在不断增长)的观察数据和扰动数据。

11、Posit Cheatsheets

Posit Cheatsheets网页上提供了常见的使用软件包及教程的链接,会定时更新。

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生信爱好者周刊(第 167 期):打破传统论文评审困局:去中心化如何重塑学术同行评审生态?

2025-06-07 22:33:56

生信爱好者周刊(第 167 期):打破传统论文评审困局:去中心化如何重塑学术同行评审生态?

  • 内容编辑:王诗翔
  • 校对编辑:何凯

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本周话题:打破传统论文评审困局:去中心化如何重塑学术同行评审生态?

同行评审作为科研质量的重要把关机制,在科学知识的传播中起着至关重要的作用。然而,现行的同行评审制度却面临着前所未有的信任危机,常被批评缺乏客观性、透明度和系统性,让许多科研人员感叹“中稿如中彩”。审稿周期漫长、评审意见质量良莠不齐、缺乏透明度等问题,不仅影响科研效率,也削弱了学术体系的公信力。

The Innovation期刊近期发文提出去中心化的同行评审模型为构建一个更公平、透明且高效的知识评估体系提供了全新的思路。本文提出的TDA 模型通过双重激励机制与去中心化系统的结合,不仅使评审过程的公开与可验证成为可能,同时也能有效地激发学者在评审活动和学术共识构建中的积极性,让每一位学者都成为学术质量的守护者。

@ShixiangWang: 文章中通过构建Total Democracy in Assessment (TDA) 模型,“一方面通过经济激励,鼓励严谨而细致的批评性审稿意见;另一方面通过学术声誉激励,鼓励积极并具有建设性的审稿意见”。这是对新一代学术评审机制的畅想。但技术细节上确实困难重重,且不说经济激励中涉及到的金钱问题,学术声誉激励目前虽然能通过ORCID等机制进行标识,但无法判断和定量细节贡献,另外虽然有不少期刊开放了评审意见,但真正会去阅读的少之又少,自然无法有效评估贡献了。希望先有一些真正可行的软件系统出现,逐步推动一些期刊采纳运行起来看看效果,期刊这一块国内作为后起者,又无软件技术上的阻碍,说不定可以领先构建新一代评审体系。

@He-Kai-fly: TDA模型突破了“审稿工作无回报”的长期弊端,将审稿意见视为具备学术价值的独立成果,不仅提升了评审过程的正向激励,也有望丰富学术评价体系中对“隐性劳动”的认可。

生信研究

1、Nature | 填补全球遗传图谱关键空白——系统性分析东南亚人群基因组多样性及演化进程

研究通过深度短读长测序分析了30个东南亚大陆族群中3,023个个体,并对37个代表个体进行长读长全基因组测序,构建了目前最完整的东南亚人群基因组数据集SEA3K。

  • 论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-025-08998-w

2、Cancer Cell | 大规模泛癌蛋白质组图谱

研究利用数据非依赖性采集质谱(DIA-MS)构建了一个大规模泛癌种蛋白质组图谱,覆盖22种癌症类型的999例原发肿瘤样本,共定量9,670种蛋白质。

  • 论文链接:https://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(25)00212-0

3、Nat Metab | 薛宇/贾大团队合作揭示生酮饮食发挥作用的新机制

研究团队通过算法预测、细胞实验、动物实验等发现生酮饮食或添加β-羟基丁酸可增加缩醛酶B(Aldolase B, Aldob)的K108位赖氨酸β-羟基丁酰化修饰水平,抑制mTOR信号通路和糖酵解过程,削弱癌细胞增殖,从而揭示了生酮饮食重塑代谢的新机制。此研究不仅发现了生酮饮食发挥作用的新机制,还为预测功能重要的赖氨酸修饰位点提供了普遍适用的语言模型。

  • 论文链接:https://www.nature.com/articles/s42255-024-01093-w

博文资讯

4、缺失数据:为什么应关注它以及如何处理

在统计分析中,缺失数据是一个常见但经常被忽视的问题。不当处理的缺失数据可能会导致分析结果的偏差,影响研究结论的可靠性。推文中介绍了缺失数据的不同类型以及如何处理缺失数据。

5、靳文菲 | 勤奋为笔,刻画细胞千姿百态

常规测序获得一群细胞的信号均值,丢失了细胞的个性化信息,而单细胞测序的出现则弥补了这一不足。单细胞测序是在单个细胞水平对基因组、转录组或表观基因组进行测序分析的技术。本文介绍了靳文菲专注于开发基因组技术和计算方法解决生物医学难题的历程,在单细胞测序、组学大数据挖掘等方面取得了系统性成果,并把这些技术应用到肿瘤研究中。

靳文菲,南方科技大学生科院副教授,研究员、博士生导师、国家高层次青年人才、珠江人才计划青年拔尖人才。长期从事基因组学、肿瘤免疫相关研究。主要研究方向:1.发展和利用单细胞测序技术研究肿瘤微进化和肿瘤微环境;2.生物信息。

6、Everything you need to know to resolve the Git Push RPC error

本文介绍了如何探索和处理 git push 遇到的 RPC 相关错误。

error: RPC failed; http2 499 curl 16 Error in HTTP2 framing layerfatal: remote hung up unexpectedly

工具

7、一个Rust编写的Python包和项目管理器-UV

亮点:

  • 一个单一的工具来取代pip, pip-tools等工具,运行数独比pip快10~100倍。
  • 提供全面的项目管理,具有通用的锁文件。
  • 运行脚本,支持内联依赖元数据。
  • 安装和管理Python版本。
  • 运行并安装作为Python包发布的工具。
  • 包括一个与pip兼容的接口,通过一个熟悉的CLI来提高性能。
  • 为可伸缩的项目支持cargo风格的工作空间。
  • 有效的磁盘空间,为依赖重复数据删除提供全局缓存。
  • 可以通过curl或pip安装,不需要Rust或Python。
  • 支持macOS、Linux、Windows操作系统。

8、fzf | 一款通用的命令行模糊查找器

这是一个适用于任何类型列表的交互式过滤器程序;文件、命令历史、进程、主机名、书签、Git 提交等。它实现了一个“模糊”匹配算法,因此您可以快速输入省略字符的图案,仍然得到您想要的结果。

9、aisuite | 简单、统一的界面,连接多个生成式AI提供商

aisuite通过标准化接口让开发者轻松使用多个LLM。使用类似OpenAI的接口,aisuite使得与最受欢迎的LLM交互和比较结果变得简单。它是对python客户端库的轻量级封装,允许创作者在不更改代码的情况下无缝切换和测试来自不同LLM提供商的响应。

资源

10、如何绘制Nature同款尖尖朝上的倒三角热图?

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